中心实行理事会下的主任负责制。中心主任向理事会负责，同时也向联合国教科文组织、教育部、中国联合国教科文组织全国委员会和北京师范大学负责。

建立中心主任办公会制度，作为理事会休会期间的常设机构，负责中心项目、活动的审查、评估和人员选聘等。